根据中央、国务院有关机构改革精神，撤销原医药管理局，组建成立药品监督管理部门，实行双重管理。2002年2月7日，南宁市药品监督管理局组建成立。

由于近年来国内食品、药品安全事件时有发生，为了加大行政监管与法律监管力度，规范和发展食品行业，解决日益突出的食品安全问题和食品市场的健康发展问题，党中央、国务院决定在原药品监督管理的基础上，组建成立食品药品监督管理部门。2004年8月31日，南宁市食品药品监督管理局正式挂牌成立。新组建的市食品药品监督管理局职能为：

1、组织协调开展本行政区域内食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作。

2、贯彻执行国家和自治区有关食品药品监督管理的方针、政策、法律法规和行政规章；在自治区食品药品监督管理局的领导下，负责本辖区内食品药品监督管理工作。

3、监督实施药品、医疗器械和药品包装的法定标准及企业标准。

4、监督实施处方药与非处方药分类管理工作。

5、监督实施药品不良反应监测。

6、依法监督辖区内药品流通；监督抽查药品的生产、经营和医疗单位的药品质量；依法查处辖区内制、售假劣药品的行为，监管中药材市场。

7、依法监督管理辖区麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品及特种药械。

8、依法审查或审批药品零售企业，依法监管药品经营企业经营行为。

9、协助自治区食品药品监督管理局对辖区内的药品、医疗器械广告监督检查。

10、协助实施执业药师的资格考试、认定工作；负责执业药师注册初审工作。

11、承办上级药品监督管理机关和同级人民政府交办的其他事项。